Ciao,
stavo appunto per risponderti al volo del beaconing, poi ho finito di leggere bene il tuo post. Il beaconing serve proprio ad evitare questi problemi quando il link è fisicamente UP, ma non funziona per qualche motivo.
Inoltre, come suggerito anche qui:
verifica sui tuoi switch se in alternativa puoi attivare il Link State Tracking.
Per il tuo dubbio, beh io direi no, meglio spegnere il secondo link e lavorare con uno solo, che lasciare un link ridondato ma mal funzionante.
Ciao,
Luca.